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[原创] 全基因组表达谱芯片全面解决方案

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发表于 2014-12-26 15:03:47 | 显示全部楼层 |阅读模式
基因组学,是研究生物基因组和如何利用基因的一门学问。该学科提供基因组信息以及相关数据系统利用,试图解决生物、医学、工业领域、食品与农业等领域的重大问题。
  全基因组表达谱是指全基因组的转录水平。通过全基因组表达谱研究,加以生物信息学分析,能够解析出在特定条件下(疾病、药物刺激等)整个基因组哪些基因的表达水平上调或下调。生命体是一个复杂的系统,生命活动的调控往往不是单一基因完成的,需要站在宏观(全基因组)层面上研究基因互作。
全基因组表达谱芯片能够快速、高通量、特异性地完成全基因组表达谱研究,是全基因组表达谱研究的首选技术手段。
一、技术路线和方法:

二、生物信息学分析
2.1 基本数据分析
Part01:原始数据预处理与均一化
Part02:差异基因筛选
Part03:聚类分析(层次聚类、K-means聚类)
Part04:差异基因GO分类
Part05:差异基因pathway分析
Part06:基因互作网络构建(Network)
2.2  高级数据分析
Part08:转录因子结合位点分析(对植物)
Part09:数据驱动网络构建(对多个时间点)
Part10:疾病分型
Part11:疾病预测模型构建
Part12:基因表达趋势显著性分析

三、芯片平台


芯片平台
        (Human)
型号转录本数量规格货号
AffymetrixHuman          Genome U133
     Plus 2.0 Array
47000条(包含38500个基因)BT1000111
AgilentSurePrint          G3 Human Gene Expression 8x60K27958条mRNA8×60KBT1000112
7419条lincRNA
AgilentAgilent          Whole Human Genome Oligo Microarray41,000条4×44KBT1000113
华联人类表达谱芯片v632679条(包含938条控制探针)BT1000114














  
芯片平台
        (RAT)
型号转录本数量规格货号
AffymetrixRat          Genome 230 2.0 Array31000条(包含28000个基因)BT1000131
AgilentAgilent          SurePrint G3 Rat Gene Expression 8x60K30003条8×60KBT1000132
AgilentAgilent          Whole Rat Genome Oligo Microarray41012条4×44KBT1000133
华联大鼠表达谱芯片v125338条(包含980条控制探针)BT1000134














  
芯片平台
        (Mouse)
型号转录本数量规格货号
AffymetrixMouse          Genome 430 2.0 Array39000条(包含34000个基因)BT1000121
AgilentSurePrint          G3 Mouse Gene Expression 8x60K39430条mRNA8×60KBT1000122
16251条lincRNA
AgilentAgilent          Whole Mouse Genome Oligo Microarray41174条4×44KBT1000123
华联小鼠表达谱芯片v227295条(包含872条控制探针)BT1000124












注:其他种类芯片请联系公司销售工程师
四、完成时间
2个月,(其中生物信息分析1个月)
所有版权及解释权归BIOTREE公司所有!

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