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[原创] Plant metabolomics(植物代谢组学)

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发表于 2014-12-26 15:11:39 | 显示全部楼层 |阅读模式
植物代谢组学是对植物的某一组织或细胞在一特定生理时期内所有低分子量代谢产物同时进行定性和定量分析。它是以组群指标分析为基础,以高通量检测和数据处理为手段,以信息建模与系统整合为目标,  从宏观角度研究生物机体的生化变化,从而监控或者评价基因功能。目前已知植物代谢产物达20万种之多,相比之下, 微生物仅有1500 种代谢物,动物也只有2500种代谢物。我公司全二维GC-MS平台为解决海量植物代谢产物带来的科学研究困难提供了巨大助力。
技术路线和方法:



该服务方案是从样本预处理到结果分析一整套全面解决方案,客户只需要提供足够的样本就可以及时获得科学结果。我们也可以针对客户的实际情况量身定做方案,客户也可以选取其中几项服务。我们将竭诚为客户解决问题。
     首先您跟我们沟通您的实验目的与实验设计,或者让我们专业的技术人员根据您的实验目的帮助您设计实验。然后提供样品,我们为您完成所有的实验操作,并提供完整的实验报告和数据分析报告。 特别的,在项目结束后6个月的时间内我们提供一次免费报告修回和7×24h的问题答疑服务。根据您的需要,我们为您推荐最合适的实验方案。

植物代谢组学平台:
  
代谢组学平台型号厂商货号
LC-MS     ACQUITY        UPLC/Micromass Q-TOF Premier MS     Waters     BT4000211
        GC-Q-MS     7890A GC/5975C        MS     Agilent     BT4000221
        GC-TOF-MS     Pegasus HT        LECO(USA)     BT4000223
        GC×GC-TOF MS     Pegasus 4D     LECO        (USA)     BT4000222







样品采集原则
我们处理过各种类型的植物样品,包括水稻,大麦,小麦,海带,杨树,柳树,烟草,玉米,甘蔗,三角褐指藻等
植物样本:采集后迅速冷冻(液氮),然后转入-80            ℃ 保存
样品采集步骤
A、 取样,称取100mg,液氮冰冻;
B、 匀浆化,球磨机 2min 20Hz,保持在-60℃环境下(低温匀浆后,可以在-80℃保存至少3个月);
C、 酶灭活:加入1.4mL 100%甲醇(-20℃预冷),涡旋10s。再加入            60μL核糖醇(0.2mg/ml,in dH2O),再涡旋10s混匀;
D、 在thermomixer仪器上震荡样品10min, 950rpm, 70℃;
E、  离心10min,11000g;
F、  转移上清到Schott GL14玻璃瓶中;
G、 加入750μL CHCl3(-20℃预冷) +1400μL dH2O(4℃预冷),涡旋混匀;
H、 离心15min 2200g;
I、   转移150μL上清到1.5mL 反应管中;
J、   在真空浓缩器中干燥提取物;
K、  储存到-80℃(最好在储存管中充满氩气或其他惰性气体,在-80℃下可以保存至少3个月);干冰寄送。


如直接送冻存的植物样品,请保证样品大于200mg,避免反复冻融。

数据分析内容:
基本数据分析
Part01:数据预处理
Part02:PCA分析
Part03:PLS-DA分析
Part04:OPLS-DA分析
Part05:差异化合物筛选
Part06:差异化合物鉴定

高级数据分析
Part07:代谢通路分析
Part08:代谢网络分析
Part09:多组学数据关联分析(具备多组学数据)


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