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[原创] Microbial metabolomics(微生物代谢组学)

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发表于 2014-12-26 16:31:51 | 显示全部楼层 |阅读模式
与植物和动物代谢组学相比,微生物在生长培养基中浓度较低,具有低浓度代谢物难于检测,胞内和胞外代谢物不易分离等特点。微生物代谢组学主要进行胞内代谢物的分析,由于细胞内的酶系活跃、代谢物转换迅速,因此取样和样品制备的方法会显著影响分析结果的准确性和重复性。
    灭活过程中如何保持细胞的完整性,  防止胞内代谢物的泄漏, 以正确反映微生物细胞的生理状态, 是微生物代谢组学研究的关键。目前还没有通用的微生物淬灭和代谢物提取的方法,根据不同的微生物特性选择合适的淬灭方法在微生物代谢组学研究中非常重要。
      
淬火的方法一般有:
超滤性膜快速过滤后立即冰冻细胞;
用高氯酸稀释细胞;
在-45℃甲醇溶液中稀释细胞;
培养基置入液氮快速冷冻、解冻、离心收集细胞;
用带有预冷的不锈钢珠的注射器迅速取样、过滤收集细胞。


技术路线及方法:


该服务方案是从样本预处理到结果分析一整套全面解决方案,客户只需要提供足够的样本就可以及时获得科学结果。我们也可以针对客户的实际情况量身定做方案,客户也可以选取其中几项服务。我们将竭诚为客户解决问题。
     首先您跟我们沟通您的实验目的与实验设计,或者让我们专业的技术人员根据您的实验目的帮助您设计实验。然后提供样品,我们为您完成所有的实验操作,并提供完整的实验报告和数据分析报告。 特别的,在项目结束后6个月的时间内我们提供一次免费报告修回和7×24h的问题答疑服务。根据您的需要,我们为您推荐最合适的实验方案。

微生物代谢组学平台:
  
代谢组学平台型号厂商货号
UPLC-Q-TOF-MS     ACQUITY        UPLC/Micromass Q-TOF Premier MS     Waters     BT4000311
        GC-Q-MS     7890A GC/5975C        MS     Agilent     BT4000321
        GC×GC-TOF MS     Pegasus 4D     LECO        (USA)     BT4000322
        GC-TOF-MS     Pegasus HT        LECO(USA)     BT4000323
        NMR     Varian Inova        600M     Agilent     BT4000331
              Bruker        Avance600M     Bruker     BT4000332









样品采集原则
   我们处理过的微生物有大肠杆菌,乳酸菌,红曲菌等。

微生物样本:
1) 快速取样,酶迅速失活,保持细胞的完整性;
2) 最大限度的提取代谢物;
3) 无偏向性, 不排除具有特殊物理、化学性质的分子;
4) 不破坏或改变代谢物的物理或化学特性。
样品采集步骤
  微生物样品淬灭以后冻成干粉,干冰低温寄送。样品量大于200mg。

数据分析内容:
基本数据分析
Part01:数据预处理
Part02:PCA分析
Part03:PLS-DA分析
Part04:OPLS-DA分析
Part05:差异化合物筛选
Part06:差异化合物鉴定
高级数据分析
Part07:代谢通路分析
Part08:代谢网络分析
Part09:多组学数据关联分析(具备多组学数据)

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