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关于比较基因组的问题

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发表于 2015-6-13 05:34:11 | 显示全部楼层 |阅读模式
大家好,我最近实验遇到了一些问题,在在此向各位有经验的前辈请教一下。

背景: 有两株细菌全基因组测序的结果,每个细菌的基因组序列都已经拼接好了,不需要de novo 等步骤了。
         


目的:1. 想要找出两株细菌在基因组上的差异,找到每个细菌所特有的基因。
            ( 我现在有用RAST注释,还有用过RAST的function based comparison,但是得到的特异性基因的特别少,觉得RAST做出来的结果不是很好(基因组差别蛮大的两株细菌,特异性基因只有个位数),我不太相信这个结果,想要找到其他的方法。)
           2. 找出两株细菌之间的non-synonymous SNP, 并且要得到具体的SNP所在的基因的名称及功能。

问题: 想要实现以上目的,要用哪些软件? 经过哪些分析过程(能否提供一些细节)? 如何得到想要的结果?

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