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#数据库#自己搜集的16个启动子数据库整合

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发表于 2016-1-5 14:27:54 | 显示全部楼层 |阅读模式
最近需要根据基因的序列预测基因的启动子区域,一番苦心搜集后发现网上有很多启动子相关的数据库。为此整理出了网上多个预测基因启动子的数据库或者webservice,特分享给大家~~
Promoter 2.0 Prediction Serverhttp://www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/ 很早之前的预测启动子在线软件,要求输入的gene序列为FASTA格式,可以在线做
Berkeley Drosophila Genome Group http://fruitfly.org:9005/seq_tools/promoter.html 果蝇基因组相关信息,利用神经网络预测启动子序列
McPromoter http://tools.genome.duke.edu/gen ... ter/McPromoter.html马尔科夫预测gene的转录其实位点,新版本只提供果蝇
Eukaryotic Promoter Database http://epd.vital-it.ch/ 比较全的基因启动子数据,并且经过试验验证;同时数据库给出UCSC中gene起始位点的数据下载链接
SCOPE http://genie.dartmouth.edu/scope/ 利用计算方法在线预测gene的启动子,可以查看很多个物种,并且给出物种数据信息来源链接
PROMOTERS & TERMINATORS http://molbiol-tools.ca/Promoters.htm 收集了预测细菌启动子、真核生物启动子、转录终止位点的预测工具
MPromDb http://mpromdb.wistar.upenn.edu/login 收集小鼠和人类的启动子,注册后可下载数据
TFBIND http://tfbind.hgc.jp/ 结合TRANSFAC数据库预测gene的启动子,使用的TRANSFAC版本为TRANSFACR.3.4
WWW Promoter Scan http://www-bimas.cit.nih.gov/molbio/proscan/ 基于scoringhomologies 预测真核生物Pol II 启动子序列,是个在线预测工具;接受多种输入格式;预测工具为PROSCANVersion 1.7
genomatrixsoftware suite http://www.genomatix.de/cgi-bin/ ... a5b90236270b8056f04先注册后使用。可以预测分析promoter、TF、variant等分析;提供分析的tools,如geneid\Bed\BAM文件文件处理等
phiSITE http://www.phisite.org/main/index.php?nav=tools&nav_sel=hunter 该数据库是(噬菌体基因调控数据库),提供的工具“promoterhunter”可以预测元原核生物的启动子序列,要求输入FASTA格式序列
Promoters http://linux1.softberry.com/berr ... ams&subgroup=gfindb 提供3种启动子预测工具,BPROM (bacterial)、TSSP (plant) 、TSSG& TSSW (human)。该数据库还有其它很多功能,如剪切位点寻找、SNP筛选、表达谱分析等
DBTSS http://dbtss.hgc.jp/index.html 7个物种(人类、小鼠、大鼠、疟原虫、红藻、穴居人、猴)的转录起始位点预测,这些TSS位点是经过TSS-seq实验验证的。可以查看TSS区域的SNV信息
AtProbe http://exon.cshl.org/cgi-bin/atprobe/atprobe.pl 拟南芥启动子结合元件数据库,给出的元件有118个、基因76个
FirstEF http://rulai.cshl.org/tools/FirstEF/ 预测人类启动子和第一个外显子的在线工具
Tfsitescan http://www.ifti.org/cgi-bin/ifti/Tfsitescan.pl 哺乳动物、酵母、果蝇、植物、原核生物等启动子序列的预测
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