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数据复用|这66张芯片数据找完内参后还能干点啥?

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发表于 2016-4-1 18:10:30 | 显示全部楼层 |阅读模式

数洞研究院数洞研究院正式登陆新版GCBI学院,其前身是领域联盟实验室(包括肺癌、胃癌、肝癌、乳腺癌、结直肠癌)。数洞研究院最大的价值,是从文献大数据、基因大数据分析得出具备指导性的可靠结果。我们希望在这里为大家提供具备复用价值的数据,以供各位参考使用。

推荐理由

1、本文的主要目的是使用芯片数据和PCR数据做比较,所以并没有对这批肺腺癌样本做深入的挖掘;

2、本文中的有27对癌和癌旁的配对样本,可以用于做训练组初筛结果,也可以作为验证组验证自有结果。

文献信息

Selection of DDX5 as a novel internal control for Q-RT-PCR from microarray data using a block bootstrap re-sampling scheme

PMID: 17540040

影响因子:3.986

背景:

芯片技术的发展让我们能够从全基因组水平去检测转录组。Q-RT-PCR是一个最常用的验证芯片结果的途径。基因的定量分析面临的新的挑战是如何精确的结合芯片研究中的统计性估计。在统计分析的领域里,芯片探针水平标准化有多种方法,不同的方法可能会导致明显的目标选择的不同与芯片和Q-RT-PCR相关性数值的变化。此外,验证芯片结果过程中如何确定一个合适的内参仍是一个主要挑战。

结果:本文使用了66个肺腺癌组织RNA进行了Affymetrix芯片检测,使用统计重采样方法进行分析使检测到的基因表达值差别最小。通过这种方法,我们验证了DDX5可以作为Q-RT-PCR新的内参。我们挑选癌旁和癌症组织中表达差异的23个基因,利用了24对肺腺癌样本进行了Q-RT-PCR实验,选用了DDX5 和 GAPDH作为内参,结果显示Q-RT-PCR与芯片结果的相关性分别为70%和48%。

结论:这些集中在差别最小化的Q-RT-PCR数据处理过程的定量化策略,应该能够显著的促进Q-RT-PCR验证芯片数据时内参的评估和选择。

样本信息

样本数量:66

GEO编号:GSE7670

物种:人



数据复用方案

1.项目GSE20189利用外周血研究肺腺癌,需要比对外周血和组织样本的结果。



想要知道数据哪里找、怎么用,快来新版GCBI学院的“数洞研究院”看吧!需要查看方案运行结果,请到实验室联系服务顾问,申请加入肺癌联盟实验室。

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发表于 2016-4-2 11:03:22 | 显示全部楼层
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