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R软件计算生物多样性指数

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发表于 2011-4-3 01:02:06 | 显示全部楼层 |阅读模式
R软件计算生物多样性指数
R软件中有众多的程序包可以进行生物多样性指数的计算,这里介绍一下用vegan包计算生物多样性指数的方法:
将R软件安装好后,输入以下命令,即可计算出常用的生物多样性指数。




#第一步
#是矩阵的整理,建议在Excel中整理成如下格式,再用R整理成物种矩阵,注意:列的名字要完全一致,包括大小写。
   plotname species abundance
   plot1     sp1         3
   plot1     sp2         6
   plot1     sp3         1
   plot1     sp4         2
   plot1     sp5         1
   plot2     sp1         8
   plot2     sp3        30
   plot3     sp4         2
   plot3     sp2         1
   plot3     sp6         1
   plot3     sp7         3
.....
#在Excel中,另存为csv格式,如存名称为 herbplots.csv。
#第二步 读取文件
herb.data<- read.csv("D:/herb/herbplots.csv", header=T)

#第三步 转换为 矩阵
#导入spaa程序包,如果没有安装的话,需要用install.packages('spaa')安装
library(spaa)
herb.mat<- data2mat(herb.data)

#此时生成的矩阵,形式如下:
plots   sp1 sp2 sp3 sp4 sp5 sp6 sp7
  plot1   3   6   1   2   1   0   0
  plot2   8   0  30   0   0   0   0
  plot3   0   1   0   2   0   1   3
#导入vegan ,如果没有安装的话,需要先安装vegan程序包 install.packages("vegan")
library(vegan)

#计算Shannon-Wiener指数
Shannon.Wiener <- diversity(herb.mat, index = "shannon")
#计算Simpson指数
Simpson <- diversity(herb.mat, index = "simpson")

#计算Inverse Simpson指数
Inverse.Simpson <- diversity(herb.mat, index = "inv")
#计算物种累计数
S <- specnumber(herb.mat)

plot(S)
#计算Pielou均匀度指数
J <- Shannon.Wiener/log(S)




发表于 2011-6-11 18:33:12 | 显示全部楼层
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发表于 2016-4-6 09:17:55 | 显示全部楼层
plotname 是什么?
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