设为首页收藏本站
开启辅助访问
切换到窄版

 找回密码
 注册

QQ登录

只需一步,快速开始

搜索
查看: 628|回复: 0

[共享] SWATH定量蛋白质组

[复制链接]
发表于 2016-9-21 17:08:42 | 显示全部楼层 |阅读模式
   SWATH(Sequential Window Acquisition of all THeoretical Mass Spectra)是瑞士苏黎世联邦理工学院的Ruedi Aebersold 博士及其团队与AB-SCIEX联合推出的一项全新的质谱技术。SWATH采集模式是一种新型的MS/MS 扫描技术,它将扫描范围划分为以25 Dalton 为间隔的一系列区间,通过超高速扫描来获得扫描范围内全部离子的所有碎片信息,是 MS/MSALL技术的扩展。SWATH技术是一种真正全景式的、高通量的质谱技术,同时也大大提高了定量的可重现性。
  金开瑞现有的Triple-TOF 5600-plus质谱系统,使SWATH定量具有较高的准确度和动态范围,可检测到蛋白质的丰度差异极大,跨越4个数量级。且SWATH方法的灵敏度和动态范围与SRM分析水平相当。
   经过多年的研发,金开瑞已成功开发SWATH定量与分析技术,现为国内首家推出SWATH技术服务的公司!

一、服务特色
技术特点
1、灵敏度高:SWATH技术继承了MRM的数据采集模式,结合高分辨率的AB sciex Triple TOF-plus,具有与MRM相当的灵敏度;
2、可重现性高:重复样品间的定量相关性可达到0.99以上;
3、定量准确度高:定量准确度几乎与MRM技术相当;
4、线性动态范围广:定量范围可跨越4个数量级;
5、通量大:一次实验可检测到2000种以上蛋白并定量。

适用范围

物种具有基因组序列、ESTs序列或蛋白质参考序列
最好检测细菌等复杂度较低的样品
可以和MRMHR技术联合使用发现生物标志物
可以和TAP技术联合使用鉴定相互作用蛋白



二:服务说明
服务流程
  • 接受订单及样品
  • 蛋白提取
  • 蛋白质定量
  • 还原烷基化、酶切
  • 除盐、抽干
  • HPLC分离
  • LC-MS/MS DDA模式质谱检测
  • LC-SWATH模式质谱检测
  • 生物信息分析
  • 结果交付








客户提供

需鉴定的样品;
样品信息单,需详细填写样品来源、含量、状态及其他基本信息。

最终交付

实验报告一份,含具体实验流程及蛋白质组鉴定及定量结果(生物信息学分析)。
生物信息学分析内容包括:
SWATH 参考谱图数据库构建:通过DDA模式的扫描结果,谱图数据库构建、全谱鉴定及结果可靠性评估
SWATH定量:根据二级碎片离子的全扫描结果实现二级离子的定量;SWATH结果可靠性分析;差异表达分析;层次聚类;PCA分析等。
蛋白质功能注释:包括GO注释、COG分类和KEGG Pathway分析
差异蛋白功能富集:包括GO富集、Pathway富集
差异蛋白网络互作:基于STRING 数据库的PPI分析,基于Cytoscape的可视化展示。



您需要登录后才可以回帖 登录 | 注册

本版积分规则

QQ|申请友链|小黑屋|手机版|Archiver|生物信息学论坛 ( 蜀ICP备09031721号  

GMT+8, 2017-6-23 00:32 , Processed in 0.111019 second(s), 24 queries .

Powered by Discuz! X3

© 2001-2013 Comsenz Inc.

快速回复 返回顶部 返回列表