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[共享] SILAC定量蛋白质组

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发表于 2016-10-14 09:54:04 | 显示全部楼层 |阅读模式
       SILAC ( Stable Isotope Labeling with Amino acids in Cell culture)技术是利用哺乳动物细胞增殖对必需氨基酸的依赖性原理而设计的代谢标记蛋白质的方法。SILAC技术应用于定量蛋白质组研究,为全面、系统地定性和定量分析复杂哺乳动物细胞蛋白质组提供了有效的方案,是目前最先进的、进行细胞中蛋白质相互作用和蛋白质表达差异的定量蛋白质组学技术。
  金开瑞提供SILAC定量蛋白质组技术服务,可用于多个样品或同一样品不同条件下全细胞蛋白或亚细胞蛋白的差异比较,直接判定蛋白质表达水平差异、区分特异性和非特异性相互作用等。与其他相对定量的质谱技术相比,存在灵敏度高、定量准确,且实验误差小等优势。



一、服务特色
技术特点
1、高效性:SILAC是体内标记技术,标记效率可高达100%;
2、定量精确,线性范围广,降低由于样品制备、实验操作和仪器设备造成的实验误差,定量重复性好;
3、体内代谢标记与SDS-PAGE或色谱分离技术相结合,兼容疏水性蛋白和偏碱性蛋白,不受蛋白性质限制;
4、由于该技术属于体内标记,标记效果稳定,其标记效率不受裂解液的影响,不仅适合于进行全细胞蛋白的分析,还适合于膜蛋白的鉴定和定量;
5、与化学标记相比,SILAC方法蛋白需要量明显减少,通常每个样品只需要几十微克的蛋白量;
6、活体标记,更接近样品真实状态;
7、相容性:可以对多种在DMEM或RPMI 1640培养基中能够培养的细胞或细菌中表达的蛋白进行标记。

适用范围

只适用于活体培养的细胞,对于生物医学研究中常用的组织样品,体液样品等无法分析,对于动物模型的标记成本太大,无法实现,
物种已知基因组序列、ESTs或蛋白质组全库序列。



二、服务说明
服务流程
  • 接受订单及样品
  • 蛋白提取
  • SDS-PAGE分离
  • 蛋白酶解
  • HPLC分离
  • LC-MS/MS
  • 数据解析
  • 结果交付






客户提供

需鉴定的样品;
样品信息单,需详细填写样品来源、含量、状态及其他基本信息。

最终交付

实验报告一份,含具体实验流程及蛋白质组鉴定及定量结果(生物信息学分析)。
生物信息学分析内容包括:
SWATH 参考谱图数据库构建:通过DDA模式的扫描结果,谱图数据库构建、全谱鉴定及结果可靠性评估
SWATH定量:根据二级碎片离子的全扫描结果实现二级离子的定量;SWATH结果可靠性分析;差异表达分析;层次聚类;PCA分析等。
蛋白质功能注释:包括GO注释、COG分类和KEGG Pathway分析
差异蛋白功能富集:包括GO富集、Pathway富集
差异蛋白网络互作:基于STRING 数据库的PPI分析,基于Cytoscape的可视化展示。



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