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如何知晓一列基因/蛋白的功能和相互作用关系呢?

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发表于 2016-11-13 22:19:04 | 显示全部楼层 |阅读模式

研究中经常碰到成百上千个基因或者蛋白的名字或者各种id号,此时我们想要知道这些基因/蛋白之间的相互关系是怎样的,不免要搜寻好多网站或数据库,比如GEOKEGGstring,一个个搜索下来不免感到麻烦。所以今天我要介绍一个简单方便的方法。
用户将一列id列表上传至omicsbean,直接进行功能富集,在结果里面就可以直接找到这些基因/蛋白参与的相关生物过程,发生在细胞哪些地方,主要的分子功能都可以找到。此外参与了哪些kegg信号通路很容易找到,最重要的一点,还可以看到它们之间的相互调控网络,整个过程只需要动一下鼠标,结果就很快得出来了。

首先将一列含有基因/蛋白id的文件上传,如下图1。
上传之后直接点击运行进行功能富集分析,如下图2.
下面一张图,左侧为这些基因/蛋白富集到的最显著的前十个BPCCMF,右侧为富集到的KEGG信号通路图,如下图3.
  
若想知道哪些生物过程和哪些基因/蛋白相关,在PPI里即可找到,如下图4.

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