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[蛋白质结构与预测] 生物信息学:蛋白质序列比对问题求助

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发表于 2011-4-6 10:29:44 | 显示全部楼层 |阅读模式
下载了一整个PDB数据库,fasta格式。需要对这个库按照家族分类,再在每个家族中找出相似性高的序列(可用blast),然后将每对相似性高的序列都删除一条只留下一条,最后对每个家族作多序列比对(可用clustalw),得到每个家族的一致序列.
要求全用本地软件,perl代码实现。由于刚刚接触生物信息学,实在无从着手。
特来此求助,望高人指点指点
发表于 2011-4-7 11:04:12 | 显示全部楼层
按家族分类的数据库是SCOP,你可以去下载SCOP数据库试试哦,Good Luck
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