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[教程] Haploview软件使用,单倍型分析(附:Haploview使用手册.pdf)

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发表于 2011-4-6 13:04:49 | 显示全部楼层 |阅读模式
Haploview是一个进行单倍型分析的一个软件,该软件具有如下功能:
◦1.连锁不平衡与单倍型分析
◦2.单倍型人群频率估算
◦3.SNP与单倍型关系分析
◦4.相互关系的排列测验
◦5.可以从HapMap上直接下载基因型信息
网址:http://www.broadinstitute.org/haploview
下载:Windows版:
HapInstall.exe
Mac / Unix / Linux
Haploview.jar (安装:java -jar Haploview.jar
JAVA下载在安装该软件之前,必须先安装一个“JAVA”,Haploview必须在JAVA环境下才能运行。

首先要选择要分析数据的类型,包括Linkage format Haps format Hapmap formatPhase format等。我们主要选Hapmap format这种类型。这种类型的数据可以直接从Hapmap网站(www.hapmap.org)中直接下载。
1,进入Hapmap网站。依次:Data/Generic Genome Browser(数据/通用基因组浏览器)。输入要查询的基因名称,如xrcc1,在右面选择“显示 SNP genotype data, 点击配置。



根据需要选择CHB(中国汉族人群)Output format(打开格式)选择Open directly in HaploView(输出后的文件可直接导入Haploview软件)。



点击“执行”,将文件保存到指定位置比如桌面。 打开haploview软件,选择 Hapmap format,点击browse,选择刚刚下载下来的文件。



左边的LD Plot表示该基因所以snp的的连锁情况,各个方块的颜色由浅至深(白——红),表示连锁程度由低到高,深红色表示完全连锁。





在方块上点击右键,可以看到连锁的具体信息。点击“tagger”,可以进一步选择标签snpr2指的是两个位点间的统计学关联。一般认为两点间的r2大于或等于0.8,就可以用一个点代表另外一个点。





点击“Run Tagger,即可出现符合条件的tagger snp(标签snp)。
发表于 2011-5-21 00:19:59 | 显示全部楼层
非常感谢!!!!
发表于 2011-7-10 13:34:13 | 显示全部楼层
nis30
发表于 2012-10-23 12:17:51 | 显示全部楼层
3# songxiaoming116 很有用,谢谢!
发表于 2012-10-23 12:19:00 | 显示全部楼层
1# 生物信息学 有用,谢谢楼主!
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