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同源建模——PDB文件搜索

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发表于 2011-4-6 15:57:33 | 显示全部楼层 |阅读模式
各位大侠,新人小弟请教一个小问题:
    我对一个蛋白质序列进行同源建模,然后做结构与功能分析,我在blast过程中找到了一些同源序列,请问我怎么样才能在PDB中找到对应的PDB文件,特别是那些PDB中没有的蛋白质;此外同一个蛋白质在PDB和PDBe中的PDB文件是不是不一样?谢谢啊
发表于 2011-4-6 21:17:15 | 显示全部楼层
没有的怎么可能找到啊,有的话就看他们的特征啊,例如id之类的
发表于 2011-4-7 11:09:48 | 显示全部楼层
按照PDB文件的code找阿,比如1ayx,这就是一个蛋白质,在PDB数据库中输入就可以下载该文件,如果找不到,就说明不是已知结构,我正在做蛋白质结构预测,不介意的话把蛋白质序列发给我看看
 楼主| 发表于 2011-4-11 11:03:02 | 显示全部楼层
3# monica0569
谢谢啊,我只是问问,以免万一碰到这种情形会束手无策
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