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转录组测序研究(大家顶起来啊)

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发表于 2011-4-8 12:53:09 | 显示全部楼层 |阅读模式
现在越来越多的人在做转录组测序及相关分析研究,我们这个论坛是生物信息学论坛,应该在这方面多交流。今天发这个帖子,希望大家把自己的经验分享,有问题一起交流。
       做转录组基本都是在华大做,我做的是同一组织不同生长阶段转录组分析(包括差异基因表达分析),但分析数据过程中会遇到很多问题,期待大家一起交流学习。
       1、不同的unigene,nr注释到同一种蛋白上(物种也一样),问题出来了,到底以哪一个unigene为准,比如评价表达量(RPKM)高低,怎么评价?或许这里边存在着剪接形式的不同,可能这几个unigene来源于同一个mRNA,但以目前的数据说话,到底我这个组织中这种蛋白含量是多少?似乎很难判断。如果来源于同一个mRNA,为什么组装的时候没有把他们拼接成一个unigene?
       2、差异分析中pathway中,比如一个基因发生了上调或下调,虽然标记的是显著上调或下调,但当在annotation总表中进行查找时,就会出现问题1中一样的问题,其实有很多unigene注释上了同样的蛋白(即pathway中的元素),但长度最长,匹配度最高的那个unigene,根本就不存在显著性差异,这时,怎么办??
       先说两个吧,说的比较乱,有兴趣的朋友顶一下,我们在进行深入交流。
       欢迎大家参与,谢谢。
发表于 2011-4-8 16:07:23 | 显示全部楼层
看起来很难,爱莫能助啊。
发表于 2011-7-16 10:45:09 | 显示全部楼层
budong a aaaaaaaaaaaaaaaaaaaa
发表于 2011-8-3 16:24:20 | 显示全部楼层
小生对楼主之仰慕如滔滔江水连绵不绝,海枯石烂,天崩地裂,永不变心.
发表于 2011-8-18 11:28:20 | 显示全部楼层
关于转录组Unigene的问题,确实很多问题存在。Unigene在转录组中的概念,是因为没有基因组测序的物种,再加上测序读长不能够测序到mRNA全长,需要进行拼接,却又拼不出全长而导致的。
关于Unigene的分析,在实际操作总也有些差异,有的分析团队偏向于根据序列支持来group unigene,有的团队偏向于功能来group unigene,Newbler拼接cDNA的结果中,有个isogroup的概念,应该就是根据序列支持做的group Unigene。
转录组只能体现mRNA的量,不能代表蛋白质的量,可以根据转录组表达差异,进行蛋白质组差异分析,才是真实的蛋白质量差异。

欢迎交流,QQ364704036
发表于 2011-10-9 12:19:37 | 显示全部楼层
7# shaojingwang
你好,想加下QQ,交流一下,我也做转录组测序。
发表于 2011-10-10 10:22:36 | 显示全部楼层
楼主现在进展怎样啊?我也做这方面,希望有机会交流一下。我做的不同组织的。我的QQ号码是397850491
 楼主| 发表于 2011-10-10 12:30:47 | 显示全部楼层
我创建了一个组179382025,有兴趣的可以参与进来,大家一起交流
发表于 2015-8-12 19:13:59 | 显示全部楼层
为什么回复显示14,但我只看到8个呢?奇怪
顶起来
发表于 2016-3-28 10:16:18 | 显示全部楼层
bd,求大神指教
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