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linux下Rosetta从头预测软件的安装使用

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发表于 2011-4-18 11:18:53 | 显示全部楼层 |阅读模式
1、(平台:Fedora10,gcc 版本为4.3.2)
安装 Rosetta 需要另外一个名为 scons 的软件,到 http://www.scons.org
下载 rpm 包,在根口令下安装(输入:rpm -ivh 软件包名称)
进入 http://www.rosettacommons.org/,点击 software,在 Download
Rosetta Software 下方点击 Academic Users Logon (事先注册好非商业性邮箱得到帐号与
密码,我注册的是雅虎邮箱,下载的版本是 3.1,rosetta3.1_Bundles软件包);
进入 rosetta_source 目录下,输入:scons bin mode=release,即开始安装
更多相关信息参考安装手册:
http://www.rosettacommons.org/manuals/archive/rosetta3.1_user_guide/(特别要注意
linux 及gcc版本问题)
2、运行: cd  rosetta_source
cd  bin
将准备好的 pdb 文件(示例:1l2y.pdb)和2个碎片文件放在 Bin 目录下(碎片文件用来组装蛋白质的文件,可以由Rosetta的碎片库产生,也可以自己创建。碎片库是 Rosetta 从头预测的核心,碎片用来组装蛋白质,Rosetta 中碎片文件的基本格式是:
{series}{pdb}{chain}{size}_{strategy}.{depth}_{version}
./AbinitioRelax.linuxgccrelease  @flags  -database '/home/yaoda/rosetta3.1_Bundles_FILES/rosetta_database'
(这是 rosetta 中命令的基本格式)
flags:(Flag file 的作用是将要执行的命令参数集中到一个文件中,那么输入的时候就只
需要一个命令行就行,flags 文件也需要复制在 bin 目录下)
-in:file:native inputs/1l2y.pdb(输入的原始文件)
-in:file:frag3 inputs/aa1l2yA03_05.200_v1_3(3 个残基长度的碎片文件)
-in:file:frag9 inputs/aa1l2yA09_05.200_v1_3(9 个残基长度的碎片文件)
-out:nstruct 1(每次输入的 pdb 文件数)
-out:file:silent 1l2y_silent.out(默认输出的文件名称)
-no_prof_info_in_silentout
-mute core.io.database
然后终端中显示整个预测过程:
预测完毕,产生 2个文件:
1)1l2y_silent.out:内容如下(包含很多结构信息)
SEQUENCE: NLYIQWLKDGGPSSGRPPPS
SCORE: score  vdw  cenpack  pair  env  cbeta  rg  hs_pair  ss_pair  rsigma sheet        rms     maxsub   clashes_total    clashes_bb description
SCORE: 19.207  0.207  -7.272  -2.443  -0.562 6.940 23.449 0.000 -1.365 -0.977 1.232      5.479  15.000 0.000 0.000  S_00000001
ANNOTATED_SEQUENCE:
   从左到右依次是:
残基序列号 二级结构 Phi Psi Omega Ca-x      y      z     
1 E  -163.878  158.811  173.187    1.458    0.000    0.000 S_00000001
2 E  -115.316  109.518 -179.124    3.954    2.843    0.346 S_00000001
3 E  -118.431  162.412  172.839    6.093    3.394   -2.749 S_00000001
4 E   -90.526  114.960 -173.298    8.367    6.146   -4.047 S_00000001
5 E  -101.333  123.803  175.454    6.598    7.842   -6.950 S_00000001
6 E   -76.432  123.783 -177.749    8.518    9.705   -9.650 S_00000001
7 L   -65.809  -36.420 -177.194    6.788   12.988  -10.476 S_00000001

2)score.fsc(fullatom score):内容如下
SEQUENCE: NLYIQWLKDGGPSSGRPPPS
SCORE: score  vdw  cenpack  pair  env  cbeta  rg  hs_pair  ss_pair  rsigma sheet        rms     maxsub   clashes_total    clashes_bb description
SCORE: 19.207  0.207  -7.272  -2.443  -0.562 6.940 23.449 0.000 -1.365 -0.977 1.232      5.479  15.000 0.000 0.000  S_00000001
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