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利用DEGseq去分析RNA-seq的数据求教!

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发表于 2011-5-6 16:40:36 | 显示全部楼层 |阅读模式
发表于 2011-5-6 20:26:17 | 显示全部楼层
图未上传成功,请重新上传哈
 楼主| 发表于 2011-5-7 10:21:53 | 显示全部楼层
本帖最后由 soshilei 于 2011-5-7 10:24 编辑


file:///C:/Users/sony/Desktop/QQ%E6%88%AA%E5%9B%BE20110506163744.png
QQ截图20110506163744.png
 楼主| 发表于 2011-5-7 10:25:34 | 显示全部楼层
2# 生物信息学
不好意思啊,由于第一次传图,图在三楼!
发表于 2011-5-19 23:17:34 | 显示全部楼层
DEGseq是一个用来做转录组差异分析的软件包,R语言写的,下载地址:
http://www.bioconductor.org/pack ... oc/html/DEGseq.html
其上有详细的说明文档,建议按照说明文档的步骤一步步重复下例子,然后拿自己的数据再去弄一遍就可以了。
另外建议一下做RNA-seq的分析最好使用edgeR的泊松分布模型来做,DEGseq里面用的都是二项分布的模型。

不知LZ目前能够实现到哪一步?DEGseq的包是否已经安装成功?
 楼主| 发表于 2011-5-21 14:56:42 | 显示全部楼层
5# apple
感谢你的建议。我已经按照那个步骤做好了自己的数据。
另外想问一下为什么二项分布有什么不妥的地方?谢谢了!
发表于 2011-11-1 15:07:49 | 显示全部楼层
能否把这个DEGseq讲得清楚一些,或者提供一些这方面的资料,我现在需要做一些这方面的东西,最好是中文的,谢谢
发表于 2011-11-2 09:20:04 | 显示全部楼层
想找中文的话可能比较困难,建议还是看看英文版的说明文档,上面说的都很详细,你按照例子做一遍应该就搞明白了
发表于 2011-12-12 17:01:47 | 显示全部楼层
我也在做这个 我也不会 楼主我也要求助你啊
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