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求助:如何找出仅在两个物种中同源的基因簇或基因

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发表于 2011-6-25 16:53:11 | 显示全部楼层 |阅读模式
请教各位高人:现在我有两个物种(两个不同属的菌株)的全基因组(或Scaffold)和注释的基因蛋白序列,想要找出仅在这两个物种中同源的基因簇或基因,该如何做?先谢谢大家了。
发表于 2011-6-26 11:40:30 | 显示全部楼层
比对
 楼主| 发表于 2011-6-26 12:33:42 | 显示全部楼层
谢谢回复。但如果仅比对这两个物种的话,只是知道了它们两之间同源的基因,而不知道这些同源的基因是否与其它物种的基因也同源。而如果通过NCBI的blast与其它物种基因比较的话,这两个物种的Scaffold太大,注释成的基因也太多,blast根本运行不了,所以不知道如何做
发表于 2011-9-16 15:41:17 | 显示全部楼层
先进行两物种简单比较,找到同源的基因,然后提取这些基因序列到NCBI上去比对,找不到同源的就是这俩物种特有的
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