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Biopython顶级模块及次级模块

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发表于 2011-8-7 12:06:49 | 显示全部楼层 |阅读模式
顶级模块BioSQL,生物数据库进行存储、提取和挖掘的相关代码
次级模块:
模块
功能
BioSQL.BioSeq
提取生物数学库对象的工具
BioSQL.BioSeqDatabase
连接一个生物数据库并载入需要处理Biopython的对象
BioSQL.DBUtils

BioSQL.Loader
将一个Biopython对象载入到一个生物数据库


顶级模块:Bio,包括几乎所有内容
次级模块:
模块
功能
Bio.Affy
处理Affymetrix
关联等芯片数据
Bio.Align
序列比对模块
Bio.AlignIO
用于处理多重比对时的输入/输出对象
Bio.Alphabet
用于申明序列类型的和特征的字母表模块
Bio.Appliacation
获得Biopython中相关应用的通用机理
Bio.blast
用于Blast编程和输出的模块
Bio.CAPS
用于处理CAPS标记的模块
Bio.Clustalw
用于Clustalw编程和输出的模块
Bio.Cluster
C聚类分析代码库
Bio.Compass
用于特征比对编程及CPMPASS输出的模块
Bio.Crystal
用于表示NDB Atlas
PDB文件就诶构的一个子集)结构的模块
Bio.Data
收集到的目前各种生物学特征数据
Bio.DocSQL

数据库应用程序的简易接口
Bio.Emboss
用于与Emboss交互编程的模块
Bio.Encodings
曾用于转录和翻译的特征属性模块
Bio.Entrez
用于与NCBIEntrez交互编程模块
Bio.Enzyme
用于处理enzyme.dat文件的模块
Bio.ExPASy
提供到ExPASy的网络接口,进行交互式编程
Bio.Fasta
用于处理fasta格式文件的接口
Bio.FSSP
FSSP文件读写接口,用于蛋白质折叠分类
Bio.File
更多的文件读写接口
Bio.GA
一部分遗传算法接口
Bio.GFF
与由BioPerl创建的数据库的接口
Bio.GenBank
用于处理GenBank文件的模块
Bio.Geo
NCBI基因表达规则文件的读写接口
Bio.Graphics
使用ReportLab等用于产生输出图形的模块
Bio.HMM
一部分的隐马尔科夫模型编程接口
Bio.HotRand
fourmilab网络服务器提供的随机数(真正的)

Bio.Index
python索引文件
Bio.InterPro
处理InterProhtml文件和交互式编程的模块

Bio.KDTree
用于对任意的N维向量进行搜索的KD树数据结构
Bio.KEGG
处理来自KEGG数据库的文件接口
Bio.LogisticRegression
进行逻辑判断的接口
Bio.MEME
用于处理由MEME特征片段搜索程序产生的文件的模块
Bio.MarkovModel
马尔科夫生灭过程模型
Bio.MaxEntropy
最大焓变数据模块
Bio.Medline
medline交互式编程接口
Bio.Motif
用于小片段序列分析的各种工具
Bio.NMR
用于处理NMR文件的接口
Bio.NaiveByes
提供通用贝叶斯学习网络接口
Bio.NetCatch
用于处理URLs的模块
Bio.NueralNetwork
神经网络接口模块
Bio.Nexus
处理Nexus数据文件和模型的接口
Bio.PDB
用于处理大分子晶体模型的模块
Bio.ParserSupport
写入文件的解析器
Bio.Parsers
第三方文件文件读写解析器
Bio.Pathway
Biopython路径模块
Bio.Phylo
用于处理遗传树模型文件的接口
Bio.PopGen
PopGen为一般的Python内部基因和基因组数据
Bio.PropertyManager
存储与对象关联的类
Bio.Prosite
处理ExPASy文件的接口
Bio.Restrition

Bio.SCOP
蛋白质结构分类
Bio.SVDSuperimposer
发现两个蛋白质分子对接过程的最佳旋转及移动方式
Bio.Search

Bio.Seq
使用字母表处理生物序列的模块
Bio.SeqFeature
用于分析序列特征信息
Bio.SeqIO
作为SeqRecord对象的数据读写处理模块
Bio.SeqRecord
带有注释的序列处理模块
Bio.SeqUtils
简单单个序列分析的内建函数
Bio.Sequencing
多种排序和聚集的编程接口
Bio.Statistics

Bio.SubsMat
替换矩阵以及log odd 矩阵及相应参数设定模块
Bio.SwissProt
用于处理来自SwissProtsprot**.dat文件模块
Bio.Transcribe
dna转录活RNA逆转录模块
Bio.Translate
DNARNA翻译我蛋白质模块
Bio.UniGene
一般性文件例如Hs.data文件的解析器
Bio.Wise
欧洲数据库的两种比对算法模块
Bio.cMarkovModel

提供马尔科夫模型的优化函数
Bio.py3k
Python3 系列工具
Bio.cpairwise2

Bio.kNN
用于k阶临阶分类模块
Bio.listfns
用于处理列表(list)的的一些列内建函数
Bio.mathfns
提供了有用的数学工具
Bio.pairwise2
使用动态规划方法进行序列的两两比对
Bio.stringfns
提供了有用的字符串处理工具
Bio.trie
提供树的数据结构
Bio.triefind
搜索树
Bio.utils

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