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从Windows上实现你的第一个perl生物信息学程序 转自DXY

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发表于 2011-10-5 11:08:21 | 显示全部楼层 |阅读模式
只所以只选择windows操作系统,因为这篇文字主要是针对学生物出身者,因为他们绝大多数都是使用WINDOWS操作系统吧。那些用LINUX、UNIX、MACHINTOSH的大牛估计也不需要我来班门弄斧了吧。

一、下载及安装ActivePerl 5.8.1 build 807程序。
下载地址:
http://www.activestate.com/Products/Download/Download.plex?id=ActivePerl

下载完后,在WIN2000,WINXP可直接安装,WIN95/98/NT需要先在同上的地址下载一个Windows Installer 2.0+的程序安装(因为上面下载的是.msi文件,但我没装它,也可以完成atctiveperl的安装),再安装ActivePerl。

安装过程中会让你选择一些选项,尽管选“Y”就是了

安装好了,我们就可以开始调试第一个PERL程序了(这里假设我们安装在c:\perl目录下)。先用一个纯文本编辑器(WINDOWS用记事本就可以了,但有一个问题是记事本只能存.txt文件。而我们的PERL源程序需要以.pl为扩展名。我的方法是存了.txt再改为.pl) 编写一段如下的程序:

#!c:\perl\bin\perl -w

print "Hello, this is my first!\n";
exit;

将它存在c:\perl\bin目录下,名为 test.pl (注意扩展名一定要是.pl)

然后打开DOS窗口(win2000/winxp中为“程序”->“命令提示符”(模拟DOS)),进入命令提示符状态,进入 c:\perl\bin 目录下(别告诉我你们不会用DOS啦。在窗口中输入 cd \perl\bin )
输入 perl test.pl
接着 窗口中就会打出 Hello, this is my first!
好,第一步就成功了。

附:推荐一个perl的集成编辑环境软件:Perl Builder 2.0,有了它就不用像上面那么麻烦了。从网上下载它后,安装中选择安装目录,再选择你的perl.exe所在的目录(如上就选c:\perl\bin)就ok了。
可惜我下载的是一个14天的试用版,谁能告诉我那里有解秘版的呀,或者推荐一下其他的好的IDE,如visual perl。

附:关于ActivePerl安装 推荐进一步阅读:
http://aspn.activestate.com/ASPN/docs/ActivePerl/install.html

二、安装bioperl的modules(就是别人编好的生物信息学程序可供你使用)
ActivePerl附带了一个辅助安装module的程序: PPM.
1。执行PPM程序
“程序”->ActiveState ActivePerl 5.8->Perl Package Manager
接着就会显示一个提示符是“ppm>”的dos窗口。
2。按如下步骤 安装bioperl modules

ppm> repository add bioperl http://bioperl.org/DIST
ppm> search bioperl    #(shows available bioperl versions)
这条命令显示可供选择的bioperl,选择一个number号,然后安装
ppm> install <number>

如果你的防火墙被激活,只管点“允许”就可以了 。然后要等一段时间,比较慢。bioperl 的module 就会安装好了

关于bioperl的安装推荐进一步阅读:
http://bioperl.org/Core/Latest/INSTALL
http://bioperl.org/Core/Latest/INSTALL.WIN

3。测试bioperl
同上编写如下程序,并运行.

#!c:\perl\bin\perl -w
use Bio::Perl;
exit;

如果未显示任何警告信息,说明bioperl module 安装成功.

(附:关于PPM的使用进一步阅读:
http://aspn.activestate.com/ASPN/docs/ActivePerl/faq/ActivePerl-faq2.html)

3. 第一个bioinformatics程序。
这个程序是到swissprot 数据库里拿到人的ROA1蛋白质的序列

#!c:\perl\bin\perl -w
use Bio::Perl;
# this script will only work with an internet connection
# on the computer it is run on
$seq_object = get_sequence('swissprot',"ROA1_HUMAN");
write_sequence(">roa1.fasta",'fasta',$seq_object);
exit;

执行后,会出现一个 IO::String 未安装的警示. 只要再启动PPM,然后输入" install IO::String " 装上它,再重新运行程序就行了。

它会在当前目录下生成一个名为“ roa1.fasta ”的文件,用记事本打开它。
就是该蛋白质的fasta格式的序列。

至此,你的第一个生物信息学perl程序就完成了,怎么样,很有成就感吧.

关于bioperl module的安装和使用 进一步阅读推荐:
http://bioperl.org/Core/Latest/bptutorial.html
发表于 2012-1-5 13:32:05 | 显示全部楼层
系统都装了win7 64位了,不知道支持吗?
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