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用GBrowse定制你自己的基因组浏览器

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发表于 2011-10-6 00:10:58 | 显示全部楼层 |阅读模式
接触过基因组学的同学想必都知道UCSC Genome
Browser,在那里可以像看书一样浏览数十种物种的基因组,包括编码序列,调控序列,ChIP-chip数据,芯片数据,EST序列,保守序列等等;
可以指定要看的位置,比如Human chrX:151,073,054-151,383,976,随意放大缩小,展开或收起数据。
但是如果你想要浏览的物种不在UCSC Genome
Browser,你应该试试GBrowse!GBrowse是个开源的基因组浏览器框架,你只需要导入特定格式的数据,就可以在GBrowse的图形界面
里浏览你的基因组了。GBrowse的界面到底什么样子?可以看看FlyBase或WormBase.
下面就简单介绍一下GBrowse的安装、设置和使用。
安装
安装错误解决方法
设置
设置错误解决方法
使用
安装
这里只介绍Ubuntu/Debian下的安装方法,其他系统请参考GBrowse的wiki页面。
首先,按照GBrowse的Ubuntu安装指南,安装Apache, libgd, MySQL和其他一些包,然后下载网络安装脚本
Generic-Genome-Browser/bin/gbrowse_netinstall.pl,运行:
sudo perl gbrowse_netinstall.pl
等待…如果没有错误,那么恭喜你,去买彩票吧。买之前可以在http://localhost/gbrowse欣赏一下安装成果。
安装错误解决方法
安装不出错是不正常的,不信去搜索一下GBrowse Intallation Error.
错误:Bio::Graphics版本过低
解决:不要使用网络安装脚本,手动安装
步骤:用CPAN安装Bio::Perl and Bio::Graphics
sudo perl -MCPAN -e ‘install GD::SVG’
sudo perl -MCPAN -e ‘install Bio::Perl’ (if not working, sudo apt-get
install bioperl)
sudo perl -MCPAN -e ‘install Bio::Graphics’
如仍有错误,请参考http://gmod.org/wiki/GBrowse_2.0_Prerequisites,把所有需要的包都安装一遍。然后重
复上面CPAN的安装命令。
如仍有错误,请自行Google…
如果一切顺利,则下载
http://downloads.sourceforge.net/gmod/Generic-Genome-Browser-
1.69.tar.gz?use_mirror=voxel
进入解压后的文件夹:
perl Makefile.PL
make
sudo make install
于是GBrowse就安装好了。请去http://localhost/gbrowse欣赏一下安装成果。
设置
安装成功后,可以看到GBrowse教程:http://localhost/gbrowse/tutorial/tutorial.html
如果你没安装好,网上有完全一样的教程:
http://mckay.cshl.edu/gbrowse/tutorial/tutorial.html
请仔细按照1. The Basics的步骤进行设置。
如果一切顺利,你会看到这个页面:http://localhost/cgi-bin/gbrowse/volvox
请自行参考教程下面的部分,have fun!
设置错误解决方法
错误:按1. The
Basics设置后,这个页面:http://localhost/cgi-bin/gbrowse/volvox是空白或者返回Internal
Server Error
解决:教程里有讲到,首先检查以下问题是否存在:
1. 检查文件volvox.conf是否正确
2. 检查文件volvox1.gff3是否存在于database目录
3. 如果是Windows系统,检查上面2个文件的扩展名,确定扩展名是conf或gff3而不是txt
4. 检查Apache server的error_log文件。
Linux下通常在 /usr/local/apache/logs, /var/log/apache2, /var/log/www, 或
/var/log/httpd
Windows下通常在C:\Program Files\Apache Group\Apache2\logs,
错误信息通常是找不到某某文件
错误:找不到Text/ShellWords.pm
解决:下载ShellWords.pm,然后在Perl库文件的目录下 (我的是
/usr/local/share/perl/5.8.8),创建目录 Text,然后复制ShellWords.pm到此目录。
使用
按照教程来玩,应该不会有啥问题。Enjoy!


转自基因屋
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