设为首页收藏本站
开启辅助访问
切换到窄版

 找回密码
 注册

QQ登录

只需一步,快速开始

搜索
查看: 2692|回复: 3

在Ubuntu中安装R/BioConductor

[复制链接]
发表于 2011-10-6 00:15:40 | 显示全部楼层 |阅读模式
sudo apt-get install build-essential g77
sudo apt-get install refblas3 refblas3-dev
sudo apt-get install r-base-core r-base-dev r-bioc-repostools r-recommended
装完之后
sudo R
进入R命令行
source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite()
默认将安装一下几个包
affy     affydata     affyPLM
annaffy     annotate     Biobase
Biostrings     DynDoc     gcrma
genefilter     geneplotter     hgu95av2
limma     marray     matchprobes
multtest     ROC     vsn
xtable     affyQCReport
如果需要Bioconductor上别的包的话,可以使用
biocLite(c("pkg1", "pkg2"))
安装CRAN上的包
install.packages(c("pkg1", "pkg2"))
来安装(pkg1和pkg2为需要安装的包)。
安装GUI:Rcmdr
sudo apt-get install r-cran-rodbc
sudo apt-get install r-cran-rcmdr
运行R后,library(Rcmdr)就可以打开图形界面。
不过Rcmdr不是很好用,至少我这样觉得,还是ESS用得爽。

来源:http://linux.chinaunix.net/techd ... /07/02/961630.shtml
发表于 2012-3-14 18:50:39 | 显示全部楼层
不错~~谢谢
发表于 2012-9-26 19:23:09 | 显示全部楼层
或者有一个更加方便的办法,ubuntu的软件中心中直接搜索 r,你就可以安装 r。但是楼主的安装方法和我这里的安装方法都无法安装最新的版本,如果你想要在ubuntu中安装最新的版本(有时候你必须安装最新的版本一边能够安装一些新发布的软件包),请参看r官方网站,需要添加sourcelist,详细请参看r官网。
您需要登录后才可以回帖 登录 | 注册

本版积分规则

QQ|申请友链|小黑屋|手机版|Archiver|生物信息学论坛 ( 蜀ICP备09031721号  

GMT+8, 2017-1-21 01:56 , Processed in 0.138830 second(s), 21 queries .

Powered by Discuz! X3

© 2001-2013 Comsenz Inc.

快速回复 返回顶部 返回列表