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Red Hat Linux下wwwblast+cgi安装配置

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发表于 2011-10-6 00:21:03 | 显示全部楼层 |阅读模式
说明:
需要软件  wwwblast-2.2.18-ia32-linux.tar
               blast-2.2.18-ia32-linux.tar
下载地址:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/download.shtml

●配置cgi
Wwwblast需要cgi的支持 cgi
1、启动cgi
#AddHandler cgi-script .cgi   去掉#打开CGI脚本服务
如果想同时运行扩展名为 .pl
则改为:
  AddHandler cgi-script .cgi  .pl
#/usr/local/httpd/bin/apachectl restart 重启一下apahce服务
apache服务器的PHP配置完成。
配置重新导入
/etc/rc.d/init.d/xinetd restart
2、测试cgi
#cd /usr/local/apache2/
#chmod 755 cgi-bin
#cd cgi-bin
#chmod 755 test-cgi
或者在apache网站目录里编如下代码
#vi test.cgi

[#!/usr/bin/perl
print "Content-type: text/html\n\n; ";
print "Hello World\n";]

●wwwblast安装配置
1、到ncbi下载wwwblast,然后解压到apache www服务器的默认目录,默认目录是/var/www/localhost/htdocs/。
2、修改/usr/local/httpd.conf,在最后加入下列代码
               
AddHandler cgi-script cgi REAL
Options Indexes FollowSymLinks MultiViews +ExecCGI
Order allow,deny
Allow from all
AllowOverride None
Options +ExecCGI
Order allow,deny
Allow from all
3、重启apache2
/usr/local/apache2/bin/apache2 restart
4 把blast-2.2.18-ia32-linux.tar解压到/wwwblast 目录下
5、修改blast.rc和blast.html文件
(1)blast.rc
       在blastn后面加入vector
(2)blast.html
      在选项后添加
       vector
6、格式化数据库文件,我们已在ncbi下载vector载体数据库为例,具体用法请参见
formatdb的说明
formatdb -i vector -p F -o T -n vector

7、更改目录权限
进入wwwblast的安装目录
chmod 775 *
chmod 777 TmpGifs
chmod 666 *.log
8、进入
http://ip/wwwblast
进行blast了
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