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[教程] Clustal w/x + phylip画系统发育树

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发表于 2011-10-6 11:02:47 | 显示全部楼层 |阅读模式
一。序列准备
1.使用clustal x进行多重序列比对,选择File-save sequence as -选择phylip格式保存
2。将生成的*.phy文件放到phylip文件夹中

二。使用phylip方法构树
I.MP最大节约法画树
1.将序列读入到seqboot
R是Bootstrap重复的次数,可以修改成任意数值(默认100)
2.将生成的outfile 改名(任意,但是不要是中文!!)
3.打开dnapars,将改名后的文件输入
注意要修改M 值!!M值为前边第一步R 的数值,如果没有修改则步骤为:
M 回车 D 回车 R的数值回车 随机种子 回车 number of jumble 是输入序列的混乱程度 输入最好为大于 12的数
4.将生成的outfile 改名 outtree 改名
5。将outtree改名,打开consense 输入 Y
6.将consense 生成的outtree用treeview 打开 ,选择tree -show internal edge lebels 最后会在树上出现Bootstrap值

II.极大似然法画树
1与MP 相同
2与MP相同
3打开DNAML 其余与MP相同
4,5,6与MP相同

III距离法画树
只有3不同。首先打开DNAdist 修改M 方式与MP相同.将生成的文件改名.打开Neighbor修改 M 值,方式与MP相同
发表于 2012-10-22 14:37:08 | 显示全部楼层
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