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2012元旦求助贴!!!请求大侠帮个小忙!!!

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发表于 2012-1-2 01:08:14 | 显示全部楼层 |阅读模式
我想去除一组序列(大约1000条)中指定区段序列,例如
file1中包含原始待处理序列,格式和内容如下:
>AT2G01210.1
MLASLIIFVALLCNVTVISGLN
>AT2G01820.1
MSNSHLGTLCFIISLLGLANFSLS
>AT2G01950.1
MTTSPIRVRIRTRIQISFIFLLTHL
file2中包含指定区段信息,格式和内容如下:
AT2G01210.1 1 12
AT2G01820.1 2 5,10 14,17 20
AT2G01950.1 3 7,12 15
要求得到file3,内容如下:
>AT2G01210.1
CNVTVISGLN
>AT2G01820.1
MLGTLLLFSLS
>AT2G01950.1
MTVRIRISFIFLLTHL
上面是个简单的例子,实际情况就是序列长一些,序列数多一些。
终端命令形式希望是cutseq.pl file1 file2 file3
哪位高手能够帮助小弟一下,写下perl命令,感激不尽,新的一年必将身体健康工作顺利!!!
发表于 2012-1-5 11:12:11 | 显示全部楼层
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