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【求助】辣椒基因芯片的数据分析

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发表于 2012-4-3 15:51:48 | 显示全部楼层 |阅读模式
小弟最近收到公司的辣椒芯片数据12个, 包括CEL,芯片scanning image (黑白图片),还有就是excel数据(包括signal,P-value, P/A, decription)。
芯片官网在这里 https://pepchip.genomecenter.ucdavis.edu/

辣椒群体类型F8 RIL,父本母本各两个重复,4个抗性RIL,4个敏感RIL,RIL无重复, total = 12 chips

估计的大体流程:基因组dna用DNaseI切--->biotinylated oligonucleotide和TdT标记酶切片段---->Hybridization--->wash--->staining----->GCOS扫描----CEL------->MAS5------->signal 与P/A calling

本人芯片新手,由于提供的数据太少,身在国外,公司鸟语根本不懂,求各位给指点一下

1. 这种芯片属于什么类型?说是检测SFP/SPP,但是官网又说“6,473,556 features of genomic probes in a 2 base pair overlap tiling          pattern”。

2. 怎么从excel数据里面进行allele genotyping? 是不是标准化后所有Present的signal都可以标记为A allele,Absent的标记为B allele? 我的意思是,如果来自P1的是A,来自P2的是B, 那么
P1-1_signal    P1-2     P2-1    P2-2    R1        R2        R3         R4         S1         S2          S3           S4
1000            0           0           0        2000    1500    0            0           0           0            0            1200
0                  0           1300    1400   0           0         0            1660     200       0            0             0     

这两个探针在8个RIL的类型应该是
AABBBBBA
AAABBAAA
这样理解对不对?


3. 怎么可以根据芯片号part no#520549获得跟多的芯片信息呢?现在辣椒基因组还没发布,基因组信息估计不会有。

4. 这些数据可以做点什么分析呢?构建遗传图,RIL貌似有点少。

5. 如果是pooling DNA的话, 我是说, 4个抗性RIL gDNA pooling, 4个敏感RIL gDNA pooling.
这与不是pooling gDNA的在芯片数据处理时要注意什么?

6. 为后续分析推荐一点软件?

Any helpful information will be appreciated.
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