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代谢组学全面解决方案

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发表于 2012-4-6 11:23:09 | 显示全部楼层 |阅读模式
代谢组学(metabonomics/metabolomics)是研究关于生物体被扰动后其代谢产物(内源性代谢物质)种类、数量及其变化规律的科学。代谢组学着重研究的是生物整体、器官或组织的内源性代谢物质的代谢途径及其所受内在和外在因素的影响及随时间变化的规律。作为基因组、转录组和蛋白组的终端,能够更直接、更准确地反映生物体的病理生理状态。作为全局系统生物学的基础和系统生物学的一个重要组成部分,代谢组学是以物理学基本原理为基础的分析化学、以数学计算与建模为基础的化学计量学和以生物化学为基础的生命科学等学科交叉的学科。
一、技术路线和方法:
采样(血样、尿样或其他)

代谢物的提取

上机检测(GC-MSLC-MSNMR

数据预处理(信息峰提取,识别)

多元变量统计分析(PCAPLS-DAOPLS-DA

深度数据挖掘(代谢通路分析,关联分析)












二、生物信息学分析
2.1 基本数据分析
Part01:数据预处理
Part02:PCA分析
Part03:PLS-DA分析
Part04:OPLS-DA分析
Part05:差异化合物筛选
Part06:差异化合物鉴定
2.2 高级数据分析
Part07:多组分关联分析(同一标本同时取多组分)
Part08:代谢通路分析
Part09:多组学数据关联分析(具备多组学数据)
三、样品要求
3.1 样品采集原则
Ø
微生物和细胞样本:迅速钝化代谢活动(淬灭),同时保持细胞不裂解

Ø
动物体液(如尿、血、组织、器官、唾液):采样后要迅速预处理,如加入抗凝血剂、防腐剂,并立即冷冻处理(-80

Ø
植物样本:采集后迅速冷冻(液氮),然后转入-80 保存

3.2 样品采集要求
血清:
1)
样品量要求:500ul/ (不得低于200ul/例),一定避免反复冻融。
2)
收集步骤:血液收集在离心管中静置30分钟进行凝固。然后离心取上清装载干净的离心管中,再离心5分钟,8000rpm,取上清分装到冻存管中,每管0.5ml-80度冻存寄送。
3)
注意事项:(1)取血时如用酒精消毒,请擦干擦拭部位,待酒精完全挥发后再取样。
2)取血时如用麻醉剂,建议用异氟醚 ,防止在NMR血清谱图中出现干扰峰。
3)如要采用血浆,请务必使用肝素钠抗凝管。
尿液:
1)
样品量要求:1ml/例,原则上可以多取一点。
2)
收集步骤:尿液直接分装到离心管中,每管1ml,添加一滴(约10ul)质量体积为1/100w/v)的叠氮化钠,-80度冻存寄送。
其他种类的样品在收集之前请联系公司销售工程师。
发表于 2014-5-28 05:39:06 | 显示全部楼层
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