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通用基因芯片技术

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发表于 2012-4-6 11:31:57 | 显示全部楼层 |阅读模式
一、技术路线和方法:
样品RNA抽提、质检

样品合成与标记


标记效率质量检测

芯片杂交、洗涤、染色、扫描

图像与数据采集

基本数据分析

高级数据分析













二、生物信息学分析
2.1 基本数据分析
Part01:原始数据预处理与均一化
Part02:差异基因筛选
Part03:聚类分析(层次聚类、K-means聚类)
Part04:差异基因GO分类
Part05:差异基因pathway分析
Part06:基因互作网络构建(Network)
2.2 高级数据分析
Part08:转录因子结合位点分析(对植物)
Part09:数据驱动网络构建(对多个时间点)
Part10:疾病分型
Part11:疾病预测模型构建
Part12:基因表达趋势显著性分析
三、样品要求
3.1 RNA样品要求
1)样品纯度:OD 260/280值应在1.92.2 之间;dna 应该去除干净;
2)样本完整性:Agilent 2100 score ≥ 7
3)样品浓度:最低浓度不低于100ng/µl

4)样品总量:每个样品总量不少于5µg

5)样品溶剂:要溶解在H20TE (pH 8.0)中;

6)样品运输:RNA用冻存管保存,并用干冰或液氮运输。
3.2 细胞样品要求
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贴壁细胞
1)
贴壁细胞培养诱导结束后,去除培养液。
2)
按每10 cm2 细胞加2 mL TRIzol 试剂的比例加入TRIzol 试剂。
3)
缓慢旋转培养瓶数次,使TRIzol 试剂充分接触培养瓶表面进行消化。
4)
转移到RNase-free 的试管中用一次性注射器进行反复抽打细胞直至看不见成团的细胞块,使之充分溶解于TRIzol 中形成清亮不粘稠的液体。
5)
放入干冰或-80℃冰箱中保存。
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悬浮细胞
1)
悬浮细胞培养诱导结束后,去除培养液。
2)
保留的细胞用PBS 缓冲液快速洗一次,离心除去PBS 缓冲液。
3)
按照每5×106 个细胞加1 mL TRIzol 的比例加入TRIzol 试剂,用一次性注射器进行反复抽打细胞直至看不见成团的细胞块,使之充分溶解于TRIzol 中形成清亮不粘稠的液体。
4)
放入干冰或-80℃冰箱中保存。
3.3血液样品要求
6)
在已加入抗凝剂(EDTA)的新鲜全血中加入等体积PBS1×),充分混匀。
7)
缓慢转入另一已加入淋巴细胞分离液的离心管中,并使上述混合液处于淋巴细胞分离液液面之上(即两种液体不要混合,保留清晰的界面),3000 g 离心30 min
8)
用移液枪小心分离出白细胞层。用PBS1×)清洗白细胞,离心回收白细胞,弃去上清。
9)
加入白细胞20 倍体积的TRIzol 试剂,用一次性注射器进行反复抽打细胞直至看不见成团的细胞块,使之充分溶解于TRIzol 中形成清亮不粘稠的液体。
10)
放入干冰或-80℃冰箱中保存。
3.4组织样品要求
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动物组织
1)
首先准备好用于包装样本的铝箔或冷冻保存管,并且用油性记号笔在铝箔或冻存管外表多处写明样本编号。
2)
准确切除所需组织后,立即剔除结缔组织和脂肪组织等非研究所需的组织类型。
3)
RNase-free 的生理盐水中迅速漂洗样本,以去除血渍和污物。
4)
用准备好的铝箔或冷冻保存管装载包裹组织,迅速投入液氮冷却。
5)
填写样本登记单,写明样本名称、组织类型、编号、取样日期、样本处理过程等情况。
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临床标本
1)
准确切除所需组织后,立即投入液氮冷冻。
2)
用准备好的铝箔或冷冻保存管装载包裹组织。
3)
样品操作最好在冰上进行。
4)
填写样本登记单,写明样本名称、组织类型、编号、取样日期、样本处理过程等情况。
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植物组织
1)
准确取得所需组织后,立即用准备好的铝箔包裹组织。
2)
立即投入液氮冷冻。
3)
填写样本登记单,写明样本名称、组织类型、编号、取样日期、样本处理过程等情况。
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