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发表于 2012-4-11 14:44:20 | 显示全部楼层 |阅读模式
请问:用perl语言将一段RNA序列翻译成蛋白质,分别从第1、2、3位起始的程序是怎样的呢?谢谢啦~~~
发表于 2012-4-11 20:26:07 | 显示全部楼层
bioperl里面有个有直接翻译的函数,取不同相位的话,只要取序列时起点不同就是了
发表于 2012-4-11 20:27:24 | 显示全部楼层
  1. #!/usr/bin/perl -w
  2. # Program name: statProtein_splicing.pl
  3. # Author      : sunchen
  4. # Contact     : bbsunchen@gmail.com
  5. # Date        : 10/22/2011
  6. # Last Update : 10/27/2011
  7. # Reference   : Please cite our following papers when you are using this script.

  8. # Description :
  9. #===============================================================================================================
  10. use warnings;
  11. use strict;
  12. use Getopt::Long;

  13. #my %opts;
  14. #GetOptions(\%opts,"dir:s");
  15. #my $usage= <<"USAGE";
  16. #        Program: $0
  17. #        INPUT:
  18. #                -dir        full path of file

  19. #        OUTPUT:
  20. #USAGE
  21. #die $usage unless ($opts{dir} && -e $opts{dir});

  22. #open DIR, $opts{dir};

  23. #create a hash table contain the coden and Aa

  24. my %Aa=
  25. (
  26.         "UUU"=>"F",
  27.         "UUC"=>"F",
  28.         "UUA"=>"L",
  29.         "UUG"=>"L",
  30.        
  31.         "CUU"=>"L",
  32.         "CUC"=>"L",
  33.         "CUA"=>"L",
  34.         "CUG"=>"L",
  35.        
  36.         "AUU"=>"I",
  37.         "AUC"=>"I",
  38.         "AUA"=>"I",
  39.         "AUG"=>"START",
  40.        
  41.         "GUU"=>"V",
  42.         "GUC"=>"V",
  43.         "GUA"=>"V",
  44.         "GUG"=>"V",
  45.        
  46.         "UCU"=>"S",
  47.         "UCC"=>"S",
  48.         "UCA"=>"S",
  49.         "UCG"=>"S",
  50.        
  51.         "CCU"=>"P",
  52.         "CCC"=>"P",
  53.         "CCA"=>"P",
  54.         "CCG"=>"P",
  55.        
  56.         "ACU"=>"T",
  57.         "ACC"=>"T",
  58.         "ACA"=>"T",
  59.         "ACG"=>"T",
  60.        
  61.         "GCU"=>"A",
  62.         "GCC"=>"A",
  63.         "GCA"=>"A",
  64.         "GCG"=>"A",
  65.        
  66.         "UAU"=>"Y",
  67.         "UAC"=>"Y",
  68.         "UAA"=>"END",
  69.         "UAG"=>"END",
  70.        
  71.         "CAU"=>"H",
  72.         "CAC"=>"H",
  73.         "CAA"=>"Q",
  74.         "CAG"=>"Q",
  75.        
  76.         "AAU"=>"N",
  77.         "AAC"=>"N",
  78.         "AAA"=>"K",
  79.         "AAG"=>"K",
  80.        
  81.         "GAU"=>"D",
  82.         "GAC"=>"D",
  83.         "GAA"=>"E",
  84.         "GAG"=>"E",
  85.        
  86.         "UGU"=>"C",
  87.         "UGC"=>"C",
  88.         "UGA"=>"END",
  89.         "UGG"=>"W",
  90.        
  91.         "CGU"=>"R",
  92.         "CGC"=>"R",
  93.         "CGA"=>"R",
  94.         "CGG"=>"R",
  95.        
  96.         "AGU"=>"S",
  97.         "AGC"=>"S",
  98.         "AGA"=>"R",
  99.         "AGG"=>"R",
  100.        
  101.         "GGU"=>"G",
  102.         "GGC"=>"G",
  103.         "GGA"=>"G",
  104.         "GGG"=>"G",
  105. );


  106. open DIR, "<E:/lab/4_AUG";
  107. open OUT, ">E:/lab/out.txt";


  108. my $protein = 0;
  109. my $coden = 0;
  110. my @array;
  111. my $array_len = 0;
  112. my $if_exist = 0;#$if_exist
  113. my $seq = "";

  114. my $start_point = 0;
  115. my $end_point = 0;

  116. my $order = 0;

  117. my @coden_size;
  118. sub detect_protein
  119. {
  120.         if($if_exist == 1)
  121.         {
  122.                 goto END_OF_SUB;
  123.         }
  124.         $coden = 0;
  125.         my($string) = @_;
  126.         @array=split "", $string;
  127.         $array_len = @array;
  128.         my $position = -1;
  129.         $position = index($string,"AUG");
  130.         my $if_start = 0;
  131.         my $to_print = "";
  132.         if($position == -1)
  133.         {
  134.                 goto END_OF_SUB;
  135.         }else
  136.         {
  137.                 $to_print = $to_print."M";
  138.                 $if_start = 1;
  139.                 $coden++;
  140.         }
  141.         my $pro = "";
  142.         for(my $i = $position+3; $i < $array_len-2; $i=$i+3)
  143.         {
  144.                 $pro = $array[$i].$array[$i+1].$array[$i+2];
  145.                 #print OUT $pro."\n";
  146.                 #print OUT $Aa{$pro}."\n";
  147.                 if($Aa{$pro} eq "START")
  148.                 {
  149.                         $coden++;
  150.                         $to_print = $to_print."M";
  151.                 }elsif($Aa{$pro} eq "END")
  152.                 {
  153.                         $if_start = 2;
  154.                         $to_print = $to_print."\n";
  155.                         $coden++;
  156.                         last;
  157.                 }else
  158.                 {
  159.                         $coden++;
  160.                         $to_print = $to_print.$Aa{$pro};
  161.                 }
  162.         }
  163.         if($if_start == 1)
  164.         {
  165.                 $to_print = $to_print."\n";
  166.         }

  167.         if($if_start==2 && $if_exist == 0)
  168.         {
  169.                 $protein++;
  170.                 $if_exist = 1;
  171.                 #print OUT $order."\n";
  172.                 if($coden == 72)
  173.                 {
  174.                         print $to_print."\n";
  175.                 }
  176.                 #print OUT $to_print;
  177.                 $coden_size[$coden]++;
  178.                 #print OUT $string."\n";
  179.         }
  180.         END_OF_SUB:
  181. }

  182. while(<DIR>)
  183. {
  184.         $order ++;
  185.         $seq = $_;
  186.         $if_exist = 0;
  187.        
  188.         my $splicing_site_ag = 0;
  189.         $splicing_site_ag = index($seq,"AG");
  190.         my @ag_site=();
  191.         push(@ag_site,$splicing_site_ag);
  192.         while($splicing_site_ag != -1)
  193.         {
  194.                 #print "$splicing_site_ag\n";
  195.                 $splicing_site_ag = index($seq,"AG",$splicing_site_ag+2);
  196.                 push(@ag_site,$splicing_site_ag);
  197.         }
  198.        
  199.         my $splicing_site_gu = 0;
  200.         $splicing_site_gu = rindex($seq,"GU");
  201.         my @gu_site=();
  202.         push(@gu_site,$splicing_site_gu);
  203.         while($splicing_site_gu != -1)
  204.         {
  205.                 #print "$splicing_site_gu\n";
  206.                 $splicing_site_gu = rindex($seq,"GU",$splicing_site_gu-1);
  207.                 if($splicing_site_gu != -1 && defined($splicing_site_gu))
  208.                 {
  209.                         push(@gu_site,$splicing_site_gu);
  210.                 }else
  211.                 {
  212.                         last;
  213.                 }

  214.         }

  215.         for(my $j = 0; $j < @ag_site;$j++)
  216.         {
  217.                 if($ag_site[$j] > 270)
  218.                 {
  219.                         last;
  220.                 }
  221.                 if($if_exist == 1)
  222.                 {
  223.                         last;
  224.                 }
  225.                 for(my $k = @gu_site-1; $k >= 0;$k--)
  226.                 {

  227.                         #print JK "J:$ag_site[$j]##########K:$gu_site[$k]\n";
  228.                         #print OUT "$ag_site[$j] < $gu_site[$k]\n";
  229.                         if($ag_site[$j] < $gu_site[$k])
  230.                         {
  231.                                 if(($gu_site[$k] - $ag_site[$j] - 2) >= 30)
  232.                                 {
  233.                                         my $substr = substr($seq, $ag_site[$j]+2, $gu_site[$k] - $ag_site[$j] - 2);
  234.                                         #print OUT2 "$substr\n";
  235.                                         my @sub_array = split "",$substr;
  236.                                        
  237.                                         my $final_length = @sub_array;
  238.                                        
  239.                                         detect_protein($substr);
  240.                                                
  241.                                         last;
  242.                                 }
  243.                         }
  244.                 }
  245.         }
  246. }
  247. for(my $i = 0; $i < @coden_size; $i++)
  248. {
  249.         print "$i\n";
  250. }
  251. print "###########################################\n";
  252. for(my $i = 0; $i < @coden_size; $i++)
  253. {
  254.         if(defined($coden_size[$i]))
  255.         {
  256.                 print "$coden_size[$i]\n";
  257.         }else
  258.         {
  259.                 print "0\n";
  260.         }

  261. }
  262. close DIR;
  263. close OUT;
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