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关于RepeatMasker使用

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发表于 2012-4-25 10:59:13 | 显示全部楼层 |阅读模式
请教各位(急)

RepeatMakser使用时要指定Species,但是我的物种是自己测的基因组(未公开),我想去拿自己的物种和RepBase 17.02 重复序列做比较,找到已有物种的所有重复序列及转座子,该怎么弄啊?
发表于 2012-4-25 17:05:27 | 显示全部楼层
选择这个物种运行的结果怎样呢?
 楼主| 发表于 2012-4-25 21:47:51 | 显示全部楼层
RepBase上没有我这个物种,我看文章里面是可以依据RepBase 找出已有物种的转座子序列,但是就是不知道是怎么操作的
发表于 2012-4-26 08:47:01 | 显示全部楼层
选择一个同源关系比较近的一个物种试一试,比如说同一个family,同一个genus下面的其它已知物种
 楼主| 发表于 2012-4-26 09:29:11 | 显示全部楼层
请问你知不知道这个RepBase 17.02里面的数据和repeatmaskerlibrary里面的数据时一个什么关系啊?我在安装的时候装了repeatmaskerlibrary,那这个RepBase 17.02又是怎么用的呢?是用-lib指定吗?
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