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常用的13个蛋白质互作、蛋白质网络数据库网址

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发表于 2012-5-12 15:32:49 | 显示全部楼层 |阅读模式
1.3DID(3D interacting domains)
网址:http://3did.irbbarcelona.org
http://gatealoy.pcb.ub.es/3did/
简介:搜集3D结构已知的蛋白质的互作信息,可通过结构域名称、基序名称、蛋白质序列、GO编码、PDB ID、Pfam编码进行检索。
2.DOMINE
网址:http://domine.utdallas.edu
简介:结构域互作数据库。
3.PiSite(Database of Protein interaction sites)
网址:http://pisite.hgc.jp
简介:以PDB为基础,在蛋白质序列中搜寻互作位点。
4.Binding MOAD
网址:http://www.BindingMOAD.org
简介:致力于提供蛋白质-配体晶体结构数据信息。提供结构已知的蛋白质的相关配体,并附有详细注释,同时提供由实验而得的亲和力数据。
5.Phospho.ELM
网址:http://phospho.elm.eu.org
简介:蛋白质磷酸化位点数据库
6.SuperSite
网址:http://bioinformatics.charite.de/supersite
简介:蛋白质中代谢物、药物结合位点数据库,提供结合机制、识别机制、保守结合位点等信息。
7.STITCH
网址:http://stitch.embl.de/
简介:蛋白质-化合物作用网数据库
8.Reactome
网址:http://www.reactome.org
简介:人体生命活动路径与过程数据库,提供生化过程网络图,并对参与其中的蛋白质分子有详细注解,与其他数据库如UniPort、KEGG、OMIM等建立了广泛的交叉应用。
9.PID(Pathway Interaction Database)
网址:http://pid.nci.nih.gov
简介:由NCI和Nature共同创立,提供已知的人体细胞信号转导、调节活动及主要细胞生命过的蛋白质路径网,可通过输入某个分子名或代谢过程名称进行查询。
10.UniHI(Unified Human Interactome database)
网址:http://www.unihi.org
简介:人体蛋白-蛋白相互作用数据库,可根据蛋白质名称、代谢路径等进行查询。
11.VirHostNet
网址:http://pbildb1.univ-lyon1.fr/virhostnet/index.php
简介:病毒-宿主分子互作网数据库,提供病毒-宿主蛋白质互作信息及这些蛋白质的相关注释。可通过输入基因、蛋白质、路径等关键词进行查询。
12.Bionemo(molecular information on biodegradation metabolism)
网址:http://bionemo.bioinfo.cnio.es
简介:搜集与生物降解代谢相关的蛋白质、基因数据,包括蛋白质序列、结构域、结构;基因序列、调控元件、转录单元等信息。除此之外还包括生物降解的代谢路径图、相关生化反应等。
13.PMAP
网址:http://www.proteolysis.org
简介:蛋白质水解路径数据库
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