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R语言MetaArray包如何做芯片数据整合求大神指导

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发表于 2012-5-26 11:48:37 | 显示全部楼层 |阅读模式
GEO datasets中以“head and neck squamous cell carcinoma” “oral squamous cell carcinoma”为主题词进行检索有关HNSCCOSCC肿瘤与正常组织基因差异表达谱研究的基因芯片数据集,为提高研究样本的同质性,排除HPV、下咽部肿瘤、扁桃体肿瘤、肿瘤细胞系、无正常组织对照的研究,并选择使用Affymetrix芯片的研究,该芯片平台由于跨实验室的数据具有可比性强、实验具有可重复性好,已成为目前最主要基因芯片平台。经数据预处理后,利用荟萃分析(应用MetaArrayR package完成)对不同数据集间进行整合,得到两组样本之间差异表达的基因 。求生信大神指导......急!!!!!
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