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samtools call SNP 求助

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发表于 2012-9-10 11:15:08 | 显示全部楼层 |阅读模式
我用默认的方法call SNP 为什么不能运行处理想的结果?
第一步用bowtie建立索引文件A,再用索引A生成B.sam文件,有两个paired-end文件,P1.fq,P2.fq
bowtie2 -x A -1 P1.fq -2 P1.fq -S B.sam
第二步把sam文件转为bam文件
samtools view -bS B.sam > B.bam
第三步sort
samtools sort B.bam B_sorted
第四步生成bcf文件C.bcf
samtools mplieup -uf A.fa B_sorted.bam | bcftools view -bvcg - > C.bcf
从开始的几千万条数据,最后只的到两条数据,而且quality都为0,请教高手,哪有错?为什么得不到想要的结果?
发表于 2012-9-11 14:09:31 | 显示全部楼层
没有发现有什么问题。
从开始的几千万条数据,最后只的到两条数据 。 什么意思?

建议第三步和第四步之间加一步rmdup,去除PCR重复,这样得到的SNP更可靠。
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