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求助!!perl程序

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发表于 2012-9-26 09:03:26 | 显示全部楼层 |阅读模式

RpsA

tagctacgttcgacgcacaacagcTCGATAAGGGTTCTCTTTCAATTTAATCCCTGTGGCATTCACTACgtaagtttttgttttctctgaaattttcctaaaacctcactaatcacttccctatcgtttcgtcgattgcagGTTAACCGTTGCTCCTAATTAACGGAACCTCGCTGCATCGCTTCGATCGAGTACCCGGGAGAGgtaagcagaggggcactttaattatcggcctcagtcgggaataaccggtcaattcaaaatctgtttgctaacgtaaacaattcctccgtcctgccagGTCTTTGCCATCTCGTCCCGTCCCTACGGTCAGCGTGCCGTGCTGAAGTACGCCCACTACACGCAGGCGTTCTTTTCGTGAAAACAGGaaaacggtgactccgaacgactccggacgactccgaacgactccgaacgactccgaacgactccggatgactccgactctgggctgtttccaatcactggaccg
cdna Sequence
tcgataagggttctcaattaacggaacgATGTCGGGAAATCTAGATGTTCTGTCCCTCAAGGAGGACGATGTCACCAAGATTTCTAAgcattcggagtgtagacgataacataccatcgcaggattgtacggtatcgtg
要求:1 打开文件in.txt,去掉5’UTR3UTR区,还有cDNA序列(也就是去掉红色的部分)

2
序列整理之后

RpsA
Exon1TCGATAAGGGTTCTCTTTCAATTTAATCCCTGTGGCATTCACTAC
Intron1gtaagtttttgttttctctgaaattttcctaaaacctcactaatcacttccctatcgtttcgtcgattgcag
Exon2GTTAACCGTTGCTCCTAATTAACGGAACCTCGCTGCATCGCTTCGATCGAGTACCCGGGAGAG
Intron2gtaagcagaggggcactttaattatcggcctcagtcgggaataaccggtcaattcaaaatctgtttgctaacgtaaacaattcctccgtcctgccag
Exon3GTCTTTGCCATCTCGTCCCGTCCCTACGGTCAGCGTGCCGTGCTGAAGTACGCCCACTACACGCAGGCGTTCTTTTCGTGAAAACAGG
3 把序列exon1和序列exon2合并,在他们中间各向前后取10bp,组成新序列exon12,同理exon23…….输出文件out.txt
RpsA
Exon12CATTCACTACGTTAACCGTT
Exon23CCCGGGAGAGGTCTTTGCCA
Intron1gtaagtttttgttttctctgaaattttcctaaaacctcactaatcacttccctatcgtttcgtcgattgcag
Intron2gtaagcagaggggcactttaattatcggcctcagtcgggaataaccggtcaattcaaaatctgtttgctaacgtaaacaattcctccgtcctgccag
 楼主| 发表于 2012-9-26 09:10:45 | 显示全部楼层
附件中是原文件

in.txt

50.59 KB, 下载次数: 82

 楼主| 发表于 2012-9-29 08:29:49 | 显示全部楼层
问题已解决
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