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求个关于序列比对的perl程序

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发表于 2012-9-28 10:33:34 | 显示全部楼层 |阅读模式
局域比对 Smith-Waterman local alignment
让文件中的序列E012和I001比对,E023和I002比对,E034和I003比对。。。。
比对结果类似如下:

E012  19        GAAAGATCAAAACAT  33
                      | | | | | -| | | -| | |- |
I001   218     GAAAGGTCAGAACCT  232

Oryza sativa.txt

430.44 KB, 下载次数: 13

Oryza sativa.txt

430.44 KB, 下载次数: 2

发表于 2012-9-28 18:55:32 | 显示全部楼层
python 行不行?
 楼主| 发表于 2012-9-29 08:27:01 | 显示全部楼层
最好是perl ,python 我接触的少。这个程序困扰我很长时间,实在是弄不出来。b] 2# 生物信息学
 楼主| 发表于 2012-9-29 19:36:58 | 显示全部楼层
还是困难呀,python代码我参考下。谢谢 2# 生物信息学
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