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Bioperl 入门程序

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发表于 2012-11-7 05:24:11 | 显示全部楼层 |阅读模式
#!usr/bin/perl -w
use Bio::DB::GenBank;
use Bio::Restriction::EnzymeCollection;
use Bio::Restriction::Analysis;
my $gb=new Bio::DB::GenBank();
my $seq=$gb->get_Seq_by_acc('AF303112');
print $seq->seq,"\n";
my $all_collection=Bio::Restriction::EnzymeCollection;
my $my_enzyme=$all_collection->get_enzyme('EcoRI');
my $analysis=Bio::Restriction::Analysis->new(-seq=>$seq);
@fragment=$analysis->fragments($my_enzyme);
print "@fragment\n";
my $pro_obj=$seq->translate(-complete=>1);
print $pro_obj->seq;

我想先以accession number从Genebank 获得一个序列,然后找序列里有没有EcoRI的酶切位点,最后把序列翻译成蛋白质。但输出结果只有核酸序列,出什么问题了呢,哪位高手帮忙看看呢?
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