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《宏基因组数据分析专题培训》

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发表于 2014-2-20 10:03:37 | 显示全部楼层 |阅读模式
基因组分析专题研讨班
计算中心生物部一直以来都以最前沿的课程、理论与实践相结合和高品质的服务为广大科研工作者提供全面的生物信息课程。
为了解决科研工作者在宏基因组样品制备、数据分析、功能基因挖掘等的困扰,生物部特推出《宏基因组分析专题研讨班》。专业的讲课老师团队与您一起交流,解决您的困扰、探讨科研奥秘、拓宽科研思路、挖掘科学价值,欢迎您报名参加!
主办单位:北京市计算中心
举办地:北京,北京市海淀区丰贤中路7号北科产业3号楼
培训时间:2014年4月10-12日  9:00-12:00 13:30-16:30
报名截止:2014年 4月10日
  
日期
  
授课题目
授课内容
第一天
宏基因学研究的发展和挑战
1、宏基因组研究的发展历史
  
2、典型的宏基因组研究及应用
  
3、两种宏基因组研究的策略
  
4、宏基因组数据分析中的挑战
  
5、数据分析过程中的编程简介
宏基因组实验技术
1.宏基因组学简介(相关概念,主要研究内容,3大宏基因组学研究计划等)
  
2.样品采集及meta dna提取(不同来源样品如何采集、保存、运输等,细胞富集、破碎以及DNA提取与检测的方法和相关注意事项)
  
3.基于16S rRNA基因的实验策略(16S扩增引物选择、快速文库制备、筛选策略的选择等)
  
4.基于全基因组测序的实验策略(克隆文库构建、高通量测序文库制备及质量检测)
  
5.功能宏基因组实验策略(荧光标记物的选择,流式细胞仪简介及细胞分选原理,微流控芯片工作流程,单细胞实验流程等)
第二天
基于16s rRNA测序的宏基因组数据分析技术
1、16S rRNA简介
  
2、研究案例
  
3、16S rRNA测序分析的一般流程
  
4、数据资源及软件工具介绍
  
5、不同测序数据分析的比较
  
6、其他软件介绍与操作
  
功能基因的预测分析 \代谢通路分析
基于shotgun测序的宏基因组数据分析技术
一、宏基因组学背景
  
1 宏基因组的概念
  
2 宏基因组的研究内容
  
3 宏基因组的探索历程
  
4 当前宏基因组研究的策略
  
二、WGS测序分析的一般流程
  
1 流程概览
  
2 文库构建和测序方式选择
  
3 质量控制和污染序列去除
  
4 序列整合和分选
  
5 NR-blast和MEGAN分析
  
6 序列拼接和基因预测注释
  
7 循环处理
  
三、经常使用的数据资源和工具(重点)
  
1 NR/MG-RAST和reference
  
2 RAPSearch和alignment
  
3 MEGAN和classification
  
4 SOAP-denovo和assembly
  
5 BWA/inGAP和mapping
  
四、数据统计与结果展示(重点)
  
1 测序量和拼接效率
  
2 从比对文件中提取信息
  
3 物种/功能分类和组成
  
4 群落结构多样性
  
5 聚类和相关性
  
6 其它……
  
五、WGS测序分析的典型案例
  
1 人类微生物组计划-HMP
  
2 地球微生物组计划-EMP
  
3 反刍动物胃宏基因组
  
4 环境病毒组和噬菌体
  
5 从相关案例看WGS的优势
  
六、一些工具的操作演示(上机)
第三天
宏基因组研究的难点:宏基因组拼接\非拼接策略的数据分析
1.宏基因组拼接必要性
  
2.基因组拼接组装算法原理和流程
  
3. 宏基因组拼接的特点及难点
  
4. 基于非拼接的宏基因组研究策略
  
5.上机操作,演示SOAPdenovo2, MetaIDBA, SPAdes等软件的使用
QIIME在宏基因组分析中的应用(上机操作)
1、单样品物种多样性分析
  
A)序列聚类OTUs(Operational Taxonomic Units)
  
B)测序深度判定(Rarefaction Curve)
  
C)物种多样性及丰度分析(Relative Abundances)
  
2、多样品物种多样性分析,包括以下内容:
  
A)多样品OTUs比较(OUT Heatmap、Venn图)
  
B)多样品相似度比对(UPGMA 聚类分析)
  
C)多样品群落构成比较分析(柱状图)
  
D)Weighted PCA(Principal Component Analysis)分析
  
E)Unweighted PCA分析
  
F)组间差异显著性分析
【注】:以上课程信息实际上课为准
讲师团队
来自计算中心、中国科学院北京生命科学研究院、中国地质大学等等,均在生物信息领域有丰富的工作经验。
收费标准
注册费:3500元/人,包括学费、资料费、上机费。培训期间可免费提供工作餐。可协助安排住宿,食宿费用自理。
报名优惠政策
1、3.1日前预报名的学员每人可优惠400元,
开课前20天报名的学员每人可减少200元,
开课前10天报名的学员每人可减少100元。
   2、2人团报每人可减免200元,3人以上团体报名每人可减少400元;
   3、任意两班同时报名可减少300元;
   4、4+1团报,可免费赠送一个名额                 
   5、上面4种优惠政策不能同时享受,只能享受其中一种。
   6、老学员、老学员介绍的学员均可以再优惠200元。
培训以收到学员培训费为成功报名,培训座位按收到费用先后顺序安排。
注意事项
1、       已经成功付款的学员,如在开课前7个工作日前联系主办方撤销席位,可退还100%的注册费用;如在开课前3个工作日内(含3个工作日)要求撤销席位则退还80%的注册费用。
2、       撤销席位后,学员可提交延期申请,可参加当前时间到2013.12.12日期间由北京市计算中心举办的各类培训,费用将采取多退少补原则。逾期不参加任何培训课程可申请退款,退款期间产生的所有费用由学员本人承担
请联系
小张 010-59341771 ,18618295767,QQ号:2814500767,邮箱:zhangly@bcc.ac.cn
小员 010-59341773,  18701529461 ,   邮箱:yuanll@bcc.ac.cn
付费方式  现金、支票、银行转账、银行汇款
单位全称:北京市计算中心
账    号:0200151819100023937
开户银行:中国工商银行股份有限公司北京永丰支行
(备注:在汇款明细里加上“生物计算事业部——您的姓名”)
如需发票请注明发票抬头,培训结束后统一开具发票(培训费、注册费、会议注册费、技术服务费、信息服务费等),有其他特殊要求请声明。
报名回执表:
  
培训班类型:(可多选)
  
□实用生物信息学培训班  □论文发表所需的图表处理实用技能
  
宏基因组分析专题研讨班  Perl语言培训(零基础初级班)
姓名:
性别
民族:
职称:
身份证号
工作单位:
住宿:
是□;否□
研究方向:
通讯地址:
邮编:
固定电话:
手机
E-mail:
报名种类:
A□           B□           (该选项仅报名生物信息培训班人员填写)
对课程了解情况
☆☆☆☆☆
感兴趣的课程:
信息渠道:
□中心主页 □邮件宣传(张利英、员丽丽)□邮件宣传(李艳、周会奇)邮件宣传(韩海平)□海报  □单页 □销售员  □丁香园  □生物论坛  □生物通邮件、主页  □朋友推荐               
发票抬头:
发票内容:
住宿明细
入住时间:
  
离店时间:
房间类型
□大床间
  
□标间   □合住    □不合住
  
□拼房(与其他学员拼标间)
备注:
确定报名后,请将回执表发到上述联系人邮箱里。如在两日内没有收到回复,请电话联系确认。

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